سمي ذلك الجامع بالأقمر نسبة لأحجاره البيضاء التي تشبه لون القمر .
يَقع الجامع في النحاسين علي الجانب الشرقي لشارع المُعز لدين الله .
تم إنشائه علي الطراز الفاطمي و ذلك بعدما أمر ببنائه الخليفة الفاطمي الحاكم بأمر الله و هو سابع الخلفاء الفاطمين بمصر و ذلك في عام 519 هـ - 1125 م .
تم إنشائه علي يد وزيره محمد بن فاتك البطائحي المعروف بالمأمون البطائحي .
يتميز ذلك المسجد بصِغَر مساحته و بساطة تخطيطه و ذلك من الناحية المعمارية ، إلا أنه يتميز بالغني الشديد من ناحية الزخارف و بشكل خاص واجهته الحجرية الفريدة و التي تُعد الأولي من نوعها في مصر .
تخطيط الجامع عبارة عن صحن مكشوف يتخذ شكل مربع مساحته 100 متر و يحيط به أربع ظلات أكبرهم ظلة القبلة .
يذكر أن ظلة القبلة مكونة من ثلاثة أروقة عقودها محمولة علي أعمدة مصنوعة من الرخام ما عدا أركان الصحن فقد تم إستبدال أعمدة الرخام بأكتاف مربعة ، أما عن الظلات الجانبية فهي مكونة من رواق واحد .
قد قام يلبغا السالمي بتجديد جامع الأقمر في العصر المملوكي الجركسي و شملت عملية تجديد المسجد مجموعة من أجزاء المسجد كان من ضمنها المنبر الخشبي الواقع بصدر الجدار الجنوبي الشرقي من ظلة القبلة و المحراب الرخامي .
تعتبر الواجهة الحجرية للجامع أهم ما يميز جامع الأقمر حيث أنه في تلك الواجهة تتجلي زخارف منفذة في الحجر ، و يذكر أن الواجهة تتميز بإنحراف مائل مع اتجاه الشارع الخارجي و تسمي تلك الظاهرة ( بظاهرة التوفيق ) بين إتجاه القبلة و إتجاه الطريق .
من الجديد بالذكر أن المقرنصات التي تظهر في تلك الواجهة هي أولي محاولات تزين الواجهات بتلك الطريقة .
