بُنيت آيا صوفيا لتكون كنيسة-كاتدرائية للقسطنطينية ما بين عام 532 و537 بأمر من الامبراطور الروماني جستنيان الأول ، و بنيت على الطراز البازليكي ، تصميم المهندس اليوناني إيزيدوره و المهندس ، أنثميوس .
صوفيا هو النُطق الصوتي اللاتيني لكلمة الحكمة باليونانية وعلى الرغم من أنه في بعض الأحيان يشار إليها بالقديسة صوفيا، إلا أنها لا علاقة لها بالقديسة صوفيا ، كانت مركزاً للكنيسة الأرثوذكسية الشرقية لما يقارب ألف سنة .
عام 1453، قامت الدولة العثمانية بقيادة محمد الفاتح بفتح القسطنطينية، حيث أمر السلطان العثماني بتحويل الكنيسة لمسجد أزيلت الأجراس، المذبح، الحاجز الأيقوني ، الدرج والمعمودية وازيلت الذخائر. وفي النهاية، تم إزالة الفسيفساء التي تصور المسيح، وأمه مريم، القديسين المسيحيين، والملائكة ، أُضيف للمبنى سمات معمارية إسلامية، مثل المنبر ، والمآذن الأربعة ، والمحراب.
وظل ايا صوفيا هو الجامع الرئيسي في إسطانبول ، حتى بناء مسجد السلطان أحمد المجاور، والمعروف أيضاً بالمسجد الأزرق، عام 1616 ،
وظل ايا صوفيا مسجداً حتى عام 1931، عندما أُغلق أمام العامة لأربع سنوات. أُعيد فتحه عام 1935 كمتحفاً بعد قيام الجمهورية التركية العلمانية .
تم اعادة ايا صوفيا لمسجد مرة اخرى في أواخر يوليو 2020 بعدما أبطل مجلس الدولة استخدامه متحفاً و تقرر إعادته لجامع مرة اخرى بقرار الاغلبية
و اليوم تقام اول صلاة جمعة في الجامع بعد إعادته مره اخرى بعد ان توقفت 86 عام .
