عندما فتح المسلمون الأندلس تقاسموا مع مسحيى قرطبة كنيستهم التى كانت تقع داخل مدينة قرطبة وبنوا فى هذا الجزء الذى أخذوه مسجدا جامعا لهم وبقى النصف الأخر الذى كان تحت يد المسيحين هناك.
وعندما اذادد عدد المسلمين وتوافد عليهم أمراء العرب من جند الشام فى العهد التى كانت تخضع فيه لخلافة بنى أمية بالمشرق فضاق عليهم ذلك المسجد فأخذوا يقيمون سقيفة بعد سقيفة ليقيموا ظله يستكنون بها حتى أصبح المصلون يجدون صعوبة فى وصولهم إلى داخل المسجد.
وعندما دخل الأمير عبد الرحمن بن معاوية الأموى إلى الأندلس بعد سقوط الخلافة الأموية فى الشام فاستولى على دار أمارتهم بقرطبة فاهتم بأمر الجامع واشترى من المسيحين ما بقى من كنيستهم والتى هى ملاصقة للجامع ليضمه للجامع ويزيد من مساحته. ولقد أعطاهم الخليفة عبدالرحمن واوسع لهم البذل وفاء بالعهد الذى كان بينهم واتفقوا على أن يباح لهم بناء كنيستهم التى هدمت بخارج المدينة وكان ذلك فى (١٧٠ه/٢٦٩ه) (٧٨٤/٧٨٥م) فأبنى الأمير عبد الرحمن الداخل المسجد الجامع عام (١٧٠ه/٧٨٦م) وساهم أمراء بنى أمية فيما بين (٨٥٢/٨٨٦م) فى الإضافة إليه وتجديده وتجميله ثم زيد فيه بعد ذلك زيادات هامة.
يعتبر هذا الجامع أشهر المساجد الجامعة فى العالم الإسلامى من حيث إتقان البنية وجمال الصنعة وكبر المساحة وروعة الزخارف. ولولا أن هذا الأثر الجليل لا يزال قائما حتى اليوم الذى تشهد عناصره بصدق من كتبوا عنه لكنا قد أعتبرنا أوصافهم ضربا من المبالغة الخيالية. ولروعة وعظمة هذا الجامع وصفه مؤرخوا العرب بأعظم الصفات فلقد اطلق عليه المراكشى بالجامع الأعظم ووصفه الأدريسى بقوله (وفيها الجامع الذى ليس بمساجد المسلمين مثله بنية وتنقيما وطولا وعرضا) وقال فيه الحميري (وفيها الجامع المشهور أمره الشائع ذكره من أجل مصانع الدنيا كبر مساحة وإحكام صنعه وجمال هيئة وإتقان بنية فصار يحار فيه الطرف ويعجز عن حسنه الوصف).
ويمكن القول بأن جميع التطورات التى أصابتها العمارة الإسلامية الأندلسية تعتمد فى أصلها على المسجد. لأنه ضم العناصر التى أخذت فى الظهور بعدئذ فى عهد ملوك الطوائف وعصر دولتى المرابطين والموحدين والتى بلغت ذروة تطورها فى عصر دولة بنى نصر.
مراحل البناء والزيادات التى مر بها الجامع:
جامع قرطبة فى العصر الاموى: شرع عبد الرحمن الداخل (١٣٨-١٧٢ه) فى هدم الكنيسة والمسجد القديم معة سنه ١٦٨هجريا وقام ببناء المسجد الجديد واكتملت جدرانه سنه ١٧٠هجريا أول من شيد المسجد القائم حاليا هو عبد الرحمن الداخل وكان المسجد ذو تخطيط مستطيل يشتمل على ظلة واحدة (ظلة القبلة) ويتقدمها صحن أوسط مكشوف.
الوصف المعمارى للجامع: كان المسجد فى عهد عبد الرحمن الداخل يتكون من ظلة القبلة وصحن أوسط مكشوف وكانت ظلة القبلة تتكون من سبع بلاطات بعمق اثنى عشر اسكوبا (رواقا) تسير عقوده الأنثى عشر عمودية على جدار القبلة.
وقد عهد عبد الرحمن الداخل إلى عبد الله بن صعصعة بن سلام (صاحب الصلاة فى قرطبة) سنه ١٧٢ه بأن يغرس صحن المسجد بأشجار البرتقال والليمون والنارنج أطلق على هذا الصحن فى أسبانيا اسم(صحن البرتقال) وأصبح سنه متبعة بعد ذلك فى مساجد الأندلس.
وتوفي عبد الرحمن الداخل سنه١٧٢ه قبل أن ينتهى من بناء الجامع وأتمه من بعده ابنه هشام الراضى (١٧٢-١٨٠ه) فشيد مئذنة بالمسجد بالجهة الشمالية الغربية من الصحن كما أمر ببناء ميضأة شرق الجامع.
