ويعد المتحف الآتوني بالمنيا ثالث أكبر المتاحف في مصر وأكبر متاحف صعيد مصر، وتعود فكرة إنشائه إلى عام 1979 كتوثيق لتاريخ الفراعنة في المنيا وقصة مدينة "أخت تون" المعروفة بتل العمارنة وقصة الملك إخناتون مع الملكة نفرتيتي وفكرة توحيد الإلهة بهذه المدينة التي عاش فيها إخناتون نحو 17 عاما.
المتحف الواقع على 25 فدانا بشكل أشبه لتصميم الأهرامات سيضم مقتنيات للملك إخناتون وزوجته الملكة نفرتيتي التي عثر عليها بمقبرتهما، ومجموعة من قطع أثرية تعود لفترة إخناتون متمثلة في تماثيل توجد داخل مخازن المتحفين المصري والأقصر.
ويضم المتحف مركز ترميم للآثار، إضافة إلى صالات عرض الآثار البالغ عددها 16 صالة و19 بازارا سياحيا ومكتبة ومسرحا للمؤتمرات.
ويتكون المتحف الأتونى بالمنيا من 14 قاعة للعرض المتحفى، وقد يصل عدد القطع الأثرية المقرر عرضها عند افتتاحه إلى 10 آلاف قطعة أثرية، والقاعة الرئيسية تحكى تاريخ مدينة المنيا عبر العصور المختلفة أما باقى القاعات فتحتوي على قطع أثرية تسرد تاريخ وفن الفترة الآتونية، إضافة إلى مسرح وسينما وقاعة مؤتمرات تسع حوالي 800 فرد ومكتبة أثرية ومنطقة بازارات بها 19 بازارًا، و5 بحيرات صناعية تطل على النيل، وعددًا من الكافيتريات، إضافة إلى مبنى إداري به مركز لتدريب العاملين وآخر لإحياء الصناعات والحرف التراثية.
