عند مقتل الإمام الحسين تم دفنه فى كربلاء ولكن اثناء العصر الفاطمي في مصر تم بناء جامع الصالح طلائع لدفن رأس الإمام الحسين بعد هجوم الصليبيين على عسقلان وتم نقل رفاته سنة ٥٤٨ه ولكن لم يتم دفن الامام الحسين في جامع الصالح طلائع .ولكن حمل الإمام الحسين في سرداب إلى قصر الزمرد وتم دفن الامام الحسين فيه وتم إنشاء قبة المشهد خصيصًا له سنة ٥٤٩ه .
ولما تولى حكم مصر صلاح الدين الايوبي سنه ٥٧٦ه أنشأ بجوار مشهد الامام الحسين مدرسه عرفت بمدرسه المشهد وكان يتم تدريس في هذه المدرسه عند المحراب الذي يقع خلفه الضريح .
قام ابو القاسم السكري المعروف باسم الزرزور بإنشاء منارة على باب مشهد الامام الحسين وهي بها زخارف جصيه وهذه المنارة تقع فوق الباب الأخضر ويبقى منها الان القاعدة المربعة ولوحة تذكاريه عليها نص يشير بإنشاء أبو القاسم هذه المنارة .
إقرأ أيضًا: شمس مصر/هرم الملك امنمحات الثالث بهوارة.
وتوالت الأحداث على مشهد الحسين وحصل له حريق حوالي سنه ٦٤٠ ه وكان ذلك فى عهد الصالح نجم الدين أيوب ولكن تم ترميمه على يد القاضى البيساني.
فى سنه ٦٦٢ه أثناء العصر المملوكى فى عهد الملك الناصر محمد بن قلاوون بتوسيع المسجد وبناء ايوان وبيوت للعلماء والفقهاء.
اثناء العصر العثماني شهد المشهد عنايه شديده وتم إصلاحه وزخرفته على يد والى مصر محمد باشا وأيضًا قام بتجديده عبدالرحمن كتخدا حيث أنه أثبت تاريخ الانشاء على عتب من الرخام وقام الخديوي إسماعيل بعمارة المشهد وفي سنه ١٣١٦ه أمر الخديوي عباس حلمي الثاني بإعادة نقوش القبة.
إقرأ أيضًا:(شمس مصر) لماذا منع ملوك أوربا العامة من ارتداء اللون الاورجواني
أما تابوت الامام الحسين فهو من الخشب ومحجوب تحت مقصورة وهو مصنوع من خشب هندى مقسم إلى مستطيلات وهذه المستطيلات بها حشوات نجميه وبها زخارف نباتية وايضًا يوجد على التابوت كتابات بالخط الكوفى البسيط ولكن قامت لجنة حفظ الآثار العربية بنقل هذا التابوت إلى متحف الفن الاسلامي بالقاهرة.
أما قبه المشهد فهي مميزة عن جميع القباب الموجودة فى العمارة الإسلامية وذلك بسبب اختلاف الابعاد والاتجاهات التى تحمل هذه القبه وقد بنيت جميع حوائط الضريح بالحجر والطوب الاحمر ويرجح البعض أن هذا من تحديد العصر العثماني.
