- مع دخول الفاطميين الشيعة لمصر و تأسيس مدينة القاهرة الفاطمية علي يد جوهر الصقلي و في عام 359 من الهجرة تم إنشاء هذا الجامع ليكون رمزاُ لسياسة الفاطميين، تقام فيه الصلوات و تُلقي فيه خطابات الخليفة، سمي في البداية بجامع القاهرة نسبة لمدينة القاهرة و ذكر ذلك معظم مؤرخوا العصر الفاطمي، و في عهد الخليفة العزيز بالله سمي بالأزهر نسبة للقصور الزاهرة التي بناها الخليفة العزيز بالله ، و لأن الفاطميين نسبوا أنفسهم للسيدة فاطمة الزهراء بنت النبي صلي الله عليه وسلم فسمي بالأزهر نسبة إليها..
-كان وقت إنشاؤه يتوسط القاهرة الفاطمية، و هيئته المعمارية مكونة من مقصورة و هي مكان مسقوف للصلاة و صحن و هو المكان المكشوف و محراب قديم لا يزال موجود الآن و يسمي القبلة القديمة.
-إعتاد الخلفاء منذ عهد الخليفة المعز لدين الله أول خلفاء الفاطميين بمصر أن يقيموا به الصلوات في الأعياد و أيام الجُمع و المناسبات الدينية و الخليفة بنفسه يؤم الناس و يخطب فيهم .
- ثم ظهر يعقوب بن كِلّس وزير الخليفة العزيز بالله الذي بدأ يجلس بالجامع الأزهر و يعقد به جلسات لتعلم المذهب الشيعي الإسماعيلي يحضرها الفقهاء و القضاة و كبار رجال الدولة ثم تحولت مجالس الدعوة تلك لتكون كثر تنظيماً و عدداً ، ثم إقترح الوزير يعقوب على الخليفة أن يحول الجامع لجامعة تدرس فيها العلوم المختلفة الدينيه و الدنيويه و إستأذنه أن يُعين بعض الفقهاء و العلماء ليقوموا بالتدريس فيه و وافقه الخليفة على ذلك ، و كان هؤلاء العلماء يعقدون جلساتهم العلمية في الفترة ما بعد الصلاة حتي العصر ، و كان الخليفة يخصص لهم أموال و مكافآت مقابل ذلك ، و أنشأ دار لسكن الطلبة و معلميهم بجوار الجامع الأزهر ، و بفضل الوزير يعقوب بن كِلّس أصبح الجامع الأزهر جامعة كبرى لعلوم الدين يأتي إليها طلاب العلم و لم يعد مقصوراً على نشر المذهب الشيعي الإسماعيلي وحده بل كان هذا الجامع عاملاً مهماً في تطور الحركة الفكرية و الأدبية في مصر درس فيه أكبر و أشهر علماء العصور الوسطي و الحديثه.
- حتى في العصر الحديث أثبت الجامع الأزهر مكانته كأقدم و أعرق جامعة في التاريخ فيه كانت تعقد المجالس العلمية و كان لعلماءه مكانة كبرى يخشاها الحكام و يشهد علي ذلك التاريخ بما كُتب فيه عن مواقف الأزهر منذ إنشاءه مروراً بالدولة الأيوبية و المملوكية و العثمانيه و دخول الحملة الفرنسيه و عصر محمد علي و دور الأزهر في النهضة العلمية التي قامت مصر الحديثه من خلالها ، و حتى هذا اليوم يعتبر الأزهر هو المصدر الأول الذي نستسقي منه العلوم الدينية و جامعته أقدم جامعة في التاريخ تدرس بها العلوم الحديثة و المعاصرة و لها مكانتها و قدرها و تعتبر وسام شرف و فخر لكل من درس بها.
